יונתן נולד וגדל בקיבוץ כפר בלום בגליל העליון. בשנת 1963 התגייס לצה”ל בתחילה בפלוגת בני משקים בנח”ל, לאחר סיום המסלול הדריך בגדוד 50 ובהמשך הלך לקורס קצינים במחנה סירקין. עם סיום קורס הקצינים הוצב בגולני. שרת תקופה בבסיס האימון החטיבתי, ובהמשך עבר לגדוד 51. סיים את השרות בשנת 1967 וחזר לקיבוץ. בפרוץ מלחמת ששת הימים לא היה מוצב ביחידת מילואים, עלה על אוטובוס והתייצב בהתנדבות בגדוד 55 חטיבת צנחנים מילואים. השתתף בכיבוש עלי מונטר במרכז רצועת עזה ושם נפצע. לאחר החלמה קצרה חזר לקיבוץ, והמשיך במילואים בחטיבה 55. בשנת 1969 עבר קורס קציני סיור מילואים והוצב בסיור של חטיבה 37 בכורדני, תעסוקה מבצעית ביצע במוצב המזח בתקופת ההתשה ובהר דוב, בהמשך עבר לגדוד סיור אוגדתי 134 שכלל טנקים שוט קל, פלוגות סיור על גבי נגמשים ופלוגת ג’יפים, הימ”ח של הגדוד היה במחנה יפתח ליד פילון. בפרוץ מלחמת יום הכיפורים בסביבות השעה 14:00 עברו מיגים מעל הקיבוץ, והחלה הפגזת אימים על רמת הגולן. לקראת הערב הגיע יונתן לימ”ח והחל לארגן נגמ”ש סיור. לא היה ציוד ונשק לנגמ”ש. בלילה ירדו לגשר אריק ושם קיבלו השלמות תחמושת וציוד. ביום ראשון 07/10/73 חנו ליד הגשר. הגדוד נלחם בפיקוד חנני תבור בעצירת הסורים בצומת קצביה. הנגמשים עסקו בעיקר בחילוץ פצועים והספקת פגזים לטנקים. לאחר הגעת הגדוד לחושניה ביצע הספקת פגזים לטנקים. בהמשך השתתף בפריצה למובלעת הסורית, ועסק בחילוץ פצועים מהטנקים. לאחר סיום המלחמה עסק בתצפיות במובלעת הסורית. בהמשך הגדוד עבר לחרמון. תוך כדי השהייה בחרמון הגדוד עבר שינוי, הטנקים עברו ליחידת שריון, ופלוגות הסיור הקימו גדוד סיור ומודיעין אוגדתי בפיקוד איתן סט מקיבוץ גדות. יונתן עבר לתפקיד שליש גדודי גדס”ר 134 ועסק בהקמת הגדוד מחדש וארגונו. לאחר שחרורו עבר לחטיבה שריון 847 והקים ביחד עם המג”ד אילן אשל בתפקיד שליש את גדוד טנקים 275. יונתן השתתף עם הגדוד במלחמת לבנון הראשונה 1982 בלחימה על ציר החוף. לאחר המלחמה עבר עם אילן אשל שפיקד על אגד תחזוקה למפקדת האגד. השתחרר ממילואים בגיל 49.